و بما أن الجسم يستمد حاجته من السكوالين من الغذاء و ليس الحقن عبر الجلد , فإن حقن السكوالين إلى جانب الفيروس الممرض عبر الجلد أثناء حملة التطعيم ضد إنفلونزا الخنازير ، سيكون سبباً في إحداث استجابة مناعية مضادة ليس فقط ضد الفيروس المسبب للمرض بل أيضاً ضد مادة السكوالين نفسها لتتم مهاجمتها هي الأخرى من قبل النظام المناعي . و كما ذكر , فالسكوالين يشكل مصدراً وحيداً للجسم لإنتاج العديد من الهرمونات الستيرويدية بما في ذلك كل من الهرمونات الجنسية الذكرية والأنثوية و هو أيضاً مصدر للعديد من مستقبلات المواد الكيميائية التي تنقل الإشارات العصبية في الدماغ و الجهاز العصبي ، وعندما يتم برمجة الجهاز المناعي لمهاجمة السكوالين فإن ذلك يسفر عن العديد من الأمراض العصبية و العضلية المستعصية و المزمنة التي يمكن أن تتراوح بين تدني مستوى الفكر و العقل و مرض التوحد (Autism) و إضطرابات أكثر خطورة مثل متلازمة لو جيهريج (Lou Gehrig's) و أمراض المناعة الذاتية العامة و الأورام المتعددة و خاصة أورام الدماغ النادرة .
و في دراسات مستقلة , أجريت التجارب على اللقاحات التي شملت على السكوالين كمادة مساعدة و تم حقن خنازير غينيا بها ، و أثبتت تلك الدراسات أن الإضطرابات الناتجة عن تحفيزالمناعة الذاتية ضد السكوالين قتلت 14 من أصل 15من الخنازير , و تمت إعادة التجربة للتحقق من دقة النتائج و جاءت النتائج مؤكدة و متطابقة .
و يعود تاريخ "مزاعم " كون السكوالين مادة مساعدة إلى فترة حرب الخليج الأولى حين تم حقنها للمرة الأولى في حقن لقاح الجمرة الخبيثة للجنود الأمريكان الذين شاركوا فيها ، و قد أصيب العديد من الجنود الذين تلقوا التطعيم بشلل دائم بسبب الأعراض التي تعرف الآن جملة بإسم متلازمة أعراض حرب الخليج , و قد بينت الدراسات و الفحوصات أن 95 في المئة من الجنود الذين تلقوا لقاح الجمرة الخبيثة قد وجدت لديهم أجسام مضادة ضد مادة السكوالين , و أن عدد قليل من الجنود الذين تلقوا اللقاح خلت أجسامهم من الأجسام المضادة بغض النظر عما إذا كانوا قد خدموا في حرب الخليج أم لا . كما خلت أجسام الجنود الذين لم يتلقوا اللقاح من الأجسام المضادة ضد مادة السكوالين حتى أولئك الذين قاتلوا في الخليج . و يثبت ذلك أن 95% من جرعات التطعيم , و ليس كلها , إحتوت على السكوالين و يثبت أيضاً أن المشاركة في الحرب ليس لها أي علاقة بالإصابة بمتلازمة حرب الخليج على عكس ما ادعته مصادر دفاعية حكومية . و قد بلغ مجموع الوفيات الناجمة عن وجود الأجسام المضادة 6.5 في المئة من المجموعة التي تم تلقيحها , كما أثبتت دراسة أخرى أن معدل الخصوبة في الجنود الذين ثبت وجود الأجسام المضادة في أجسامهم قد انخفض بنسبة من 30 – 40 % .
الجدير بالذكر أن ظهور أعراض حدوث المناعة الذاتية بشكل كامل يستغرق نحو عام منذ تلقي اللقاح إلى أن يستنفد الجهاز العصبي و الدماغ و الجسم كافة إحتياطيات السكوالين التي تسلم من مهاجمة جهاز المناعة له , و بعد إستنفاد الإحتياطي تبدأ الخلايا بالتلف , و مرور هذه الفترة الزمنية الطويلة تحول دون توجيه الإتهام للقاح و الشركة المصنعة له و التي تظل تنفي إرتكاب أي مخالفات أو تحمل المسؤولية عن تلك الأعراض المتأخرة . و مع قيام الكونغرس الأمريكي بتمرير قانون منح الحصانة للشركات الدوائية ضد أي ضرر ينتج من اللقاحات فإن الواقع ينبئ عن مستقبل مظلم إلى الأبد.